После этого Иероним Уборевич активно участвует в Гражданской войне в качестве боевого командира.
Он воюет против белогвардейских Северной армии генерала Миллера на арахангельском направлении и Добровольческой армии генерала Деникина на Орловщине, а также жестоко искореняет антоновский крестьянский мятеж на Тамбовщине.
Позже он применит свой опыт карателя в борьбе с повстанцами Махно и Булак-Булаховича в Белоруссии.
После успешного подавления восстаний в августе 1921 года Уборевича направляют в Восточную Сибирь, где ещё сохраняется сильное антисоветское партизанское движение.